La respuesta es sí, funciona correctamente con Thrive Architect. Aquí te dejo un mega tutorial para que veas como configurar Yoast SEO: Yoast SEO Tutorial paso a paso para estar entre los primeros puestos del ranking

Creo que ninguna plantilla que he visto por Wordpress no funciona con Yoast SEO. Es un plugin instalado en Wordpress que va independiente de la plantilla.

Hola Lucía bienvenida, si es cierto YOAST SEO es un plugin que se instala de forma independiente en WordPress y no suele dar problemas con las plantillas normales. 

Thrive Content Builder no es una plantilla, sino que es un editor visual donde se ven los cambios en tiempo real arrastrando y soltando elementos donde quieras.  https://www.miguelcarrerasdutra.com/thrive-content-builder-tutorial-parte-1/

Thrive Theme Builder es el creador de plantillas que te permite modificar todo desde la cabeza a los pies, pero echa un vistazo aquí para saber más:  https://www.miguelcarrerasdutra.com/theme-builder-mega-tutorial/

Pero cuando recién empezaba Thrive Content Builder a dar sus primeros pasos tenía algunas incompatibilidades, porque TCB no utiliza el editor nativo de WordPress. 

Ha pasado mucho tiempo desde TCB y los programadores han limado todas esas asperezas que había en su momento con respecto a YOAST SEO mira aquí: https://www.miguelcarrerasdutra.com/thrive-architect-nueva-interface/

Como todo en la vida se aprende de los errores del pasado y ahora TCB evoluciono y se llama Thrive Architect y que forma parte de Thrive Suite con el resto de los productos de Thrive Themes, aprende más aquí: https://www.miguelcarrerasdutra.com/membresias-thrive/

Saludos!!!